Fakultas Ekologi Manusia (FEMA) dikelola oleh Dekan dibantu oleh dua wakil dekan yaitu Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kemahasiswaan dan Wakil Dekan Bidang Sumberdaya, Kerjasama dan Pengembangan, seorang kepala tata usaha, dan tiga ketua departemen beserta sekretaris departemen dengan fungsinya masing-masing.

Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kemahasiswaan

Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kemahasiswaan memiliki tugas/fungsi:

1. Perencanaan dan penjaminan mutu Tridharma Perguruan Tinggi meliputi pendidikan program sarjana, profesi, magister, dan doktor;
2. Pengkoordinasian kegaitan akademik dan non akademik yang dilakukan oleh departemen;
3. Supervisi kegiatan akademik sesuai dengan sasaran dan standar utu yang telah ditetapkan;
4. Pembinaan organisasi dan kegiatan kemahasiswaan di tingkat fakultas;
5. Penjaminan mutu kinerja departemen berkaitan dengan pelaksanaan kegaitan akademik secara regular;
6. Pengurusan administrasi akademik dan kemahasiswaan di tingkat fakultas.

Wakil Dekan Bidang Sumberdaya, Kerjasama dan Pengembangan

Wakil Dekan Bidang Sumberdaya, Kerjasama dan Pengembangan memiliki tugas/fungsi:

1.  Perencanaan dan penjaminan mutu Tridharma Perguruan Tinggi meilputi penelitian dan pengabdian kepada masyarakat;
2. Penanggung jawab dalam penanganan dan pemeliharaan kebersihan, ketertiban dan keamanan di tingkat fakultas;
3. Pembinaan hubungan alumni, dan kerjasama akademik dan non akademik dengan mitra kerja;
4. Pembinaan dosen dan tenagakependidikan di tingkat fakultas;
5. Pengurusan administrasi kepegawaian, keuangan, dan riset di tingkat fkultas; dan
6. Pengkoordinasian kegiatan promosi di tingkat fakultas.

Kepala Tata Usaha

Kepala Tata Usaha menjalankan tugasnya sebagai kepala administrasi kegiatan pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat yang dilakukan oleh mahasiswa maupun dosen dibantu oleh staf kependidikan.

Perangkat Departemen

Ketua departemen dengan sekretaris departemen dibantu oleh komisi kemahasiswaan, komisi pendidikan, kepala bagian, komisi PPM, komisi promosi dan alumni, serta kepala TU mewujudkan penyelenggaraan kegiatan perkuliahan dan penelitian serta pendidikan di lingkungan fakultas ekologi manusia yang memiliki slogan “membumi dan mendunia”. Selain beberapa peran di atas, terdapat garis koordinasi dengan senat fakultas untuk membantu jajaran pimpinan fakultas dalam menentukan arah kebijakan pengembangan Fakultas Ekologi Manusia.