Sesuai dengan PP No. 154 Tahun 2000, organisasi IPB terdiri dari majelis Wali Amanat, Senat Akademik, Dewan Audit, Rektor, Wakil Rektor, Dekan, Wakil Dekan, Ketua Lembaga, Sekretaris Lembaga, Direktur dan Kepala Sub-direktorat. Selain itu, IPB juga mempunyai direktur perpustakaan dan pimpinan unsur penunjang akademik lainnya yaitu laboratorium, bengkel, studio, pusat informasi, kebun percobaan dan unit keamanan serta bentuk lain yang dianggap perlu. IPB juga memiliki satuan usaha komersial yang pimpinannya diangkat dan diberhentikan oleh Rektor, serta bertanggungjawab kepada Rektor.

Sesuai dengan Ketetapan MWA Nomor 55/MWA-IPB/2007, IPB juga mempunyai Dewan Guru Besar, Sekretaris Eksekutif, Bendahara, Kantor, dan Program Diploma. Berdasarkan pertimbangan-pertimbangan sesuai produk hukum yang ada, hasil kajian organisasi, benchmarking, dan diskusi dengan pimpinan fakultas dan departemen di lingkungan IPB maka ditetapkan struktur organisasi IPB melalui Ketetapan MWA Nomor 77/MWA-IPB/2008 pada tanggal 1 Februari 2008.

Dalam organisasi tersebut seluruh kegiatan administrasi disentralisasi ke kantor pusat, sedangkan kegiatan akademik (pendidikan, penelitian, dan pengabdian pada masyarakat) di desentralisasikan ke Departemen dan Pusat Penelitian. Departemen dan Pusat menjadi ujung tombak dalam melakukan kegiatan Tridharma IPB. Kegiatan bisnis dikelola secara profesional dengan mekanisme yang lazim dikenal dalam dunia perseroan terbatas. Meskipun demikian, Departemen dan Pusat tetap didorong untuk melakukan pembangkitan pendapatan melalui kegiatan usaha tambahan sesuai dengan kompetensi dan kepakaran yang dimiliki.

Untuk kegiatan operasional Rektor dan Wakil Rektor dibantu oleh unit administrasi berbentuk Kantor dan Direktorat sebagai berikut:
 1.    Direktorat di bawah koordinasi Wakil Rektor Bidang Akademik dan Kemahasiswaan
  • Direktorat Administrasi Pendidikan
  • Direktorat Pengembangan Program Akademik
  • Direktorat Kemahasiswaan

2.    Direktorat di bawah koordinasi Wakil Rektor Bidang Sumberdaya dan Kajian Strategis

  • Direktorat Kajian Strategis dan Kebijakan Pertanian
  • Direktorat Sumberdaya Manusia
  • Direktorat Perencanaan dan Pengembangan

3.    Direktorat di bawah koordinasi Wakil Rektor Bidang Riset dan Kerjasama

  • Direktorat Riset dan Inovasi
  • Direktorat Kerjasama dan Program Internasional
  • Direktorat Pengembangan Karir dan Hubungan Alumni

4.    Direktorat di bawah koordinasi Wakil Rektor Bidang Sarana dan Bisnis

  • Direktorat Pengembangan Bisnis
  • Direktorat Integrasi Data dan Sistem Informasi
  • Direktorat Sarana dan Prasarana

5.    Kantor/Biro dibawah Koordinasi Sekretaris Institusi

  • Kepala Biro Keuangan
  • Kepala Biro Umum
  • Kepala Kantor Hukum, Promosi dan Humas
  • Kepala Kantor Sekretariat Rektor

6.    Kantor di bawah koordinasi Rektor

  • Kantor Audit Internal
  • Kantor Manajemen Mutu
Sesuai dengan kebutuhan dalam masa transisi BHMN yang belum tuntas, IPB menyempurnakan organisasi dengan mengubah direktorat dan kantor menjadi 12 direktorat, 4 kantor dan 2 Biro, sebagai berikut :
  1. Direktur Administrasi Pendidikan
  2. Direktur Pengembangan Program Akademik
  3. Direktur Kemahasiswaan
  4. Direktur Sumberdaya Manusia
  5. Direktur Perencanaan dan Pengembangan
  6. Direktur Kajian Strategis dan Kebijakan Pertanian
  7. Direktur Riset dan Inovasi
  8. Direktur Kerjasama dan Program Internasional
  9. Direktur Pengembangan Karir dan Hubungan  Alumni
  10. Direktur Pengembangan Sarana dan Prasarana
  11. Direktur Integrasi Data dan Sistem Informasi
  12. Direktur Pengembangan Bisnis
  13. Kantor Hukum, Promosi dan Humas
  14. Kantor Sekretariat Rektor
  15. Kantor Manajemen Mutu
  16. Kantor Audit Internal
  17. Biro Keuangan
  18. Biro Umum
 Untuk memperlancar tugas rektor dan wakil rektor maka ditunjuk seorang Sekretaris Institut yang bertugas secara fungsional untuk mengkoordinasikan aspek Hukum, Promosi dan Hubungan Masyarakat, Administrasi Umum, Protokoler, Keuangan dan aspek umum. Sekolah Pascasarjana (SPs) dipimpin oleh seorang Dekan. Dekan di IPB perlu dibantu oleh seorang Wakil Dekan. Perpustakaan perlu dipimpin oleh seorang Kepala Perpustakaan. Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LPPM) perlu dipimpin oleh seorang Ketua LPPM, dua orang Wakil Kepala dan seorang Sekretaris. Dua orang Wakil Kepala LPPM adalah Wakil Kepala LPPM Bidang Penelitian dan Wakil Kepala LPPM Bidang Pengabdian Kepada Masyarakat.